Os efeitos colaterais do Truvada® são bem conhecidos porque a medicação já é usada junto com outras drogas para o tratamento da infecção pelo HIV.
A maior parte das pessoas não sente qualquer efeito colateral com o uso do Truvada®, embora uma minoria (uma em cada dez pessoas) possa ter: dor de cabeça, cansaço, dificuldade para dormir, sonhos pouco usuais, escurecimento da pele (palmas ou solas dos pés), aumento de tosse, coriza e aumento de triglicérides no sangue (uma substância derivada da gordura no seu corpo), febre, dor e mal-estar associado com reação alérgica.